GBIF

Global Biodiversity Information Facility (GBIF) – zdroj dat o biodiverzitě

Při plánování výzkumu není vždy nutné začínat vlastním sběrem dat. Pro řadu výzkumných otázek lze využít již existující a zveřejněná data, která mohou posloužit jako samostatný zdroj pro analýzu nebo jako doplněk k vlastním výsledkům. V oblasti biodiverzity patří mezi nejvýznamnější zdroje Global Biodiversity Information Facility (GBIF).

GBIF je mezinárodní infrastruktura poskytující otevřený přístup k údajům o biodiverzitě z celého světa. Sdružuje data z výzkumných institucí, muzeí, přírodovědných sbírek, monitorovacích programů i dalších zdrojů (aktuálně přes 123 000 datových sad z celého světa). Pro výzkumníka může být užitečným výchozím bodem například při hledání údajů o výskytu konkrétního organismu.

Jaké typy dat lze v GBIF najít?

GBIF podporuje poskytovatele dat v tom, aby zveřejňovali co nejúplnější informace a umožnili jejich využití pro různé typy výzkumných otázek. Ne všechny datové sady však obsahují stejnou úroveň podrobnosti. Lišit se mohou rozsahem i charakterem poskytovaných údajů. GBIF proto rozlišuje několik tříd datových sad.

• Data o výskytu: Pro výzkumníky budou často nejzajímavější právě tato data. Zaznamenávají výskyt konkrétního organismu v čase a prostoru. Původ údajů může být velmi různorodý. Může jít o záznamy exemplářů a fosilií uložených v přírodovědných sbírkách, pozorování z terénního výzkumu nebo občanské vědy, ale také o údaje získané pomocí fotopastí či metod dálkového průzkumu Země.
• Data o sběru vzorků a událostech: Některé datové sady obsahují také tyto údaje. Jde zpravidla o kvantitativní údaje získané pomocí standardizovaných protokolů pro měření a monitoring biologické rozmanitosti. Příkladem mohou být vegetační transekty, sčítání ptáků nebo odběry vzorků ve sladkovodním či mořském prostředí. Oproti jednoduchému záznamu výskytu tak mohou tato data obsahovat více informací o tom, jakým způsobem byl průzkum proveden.

 

Vyhledávání dat

Samotné vyhledávání není složité. Vyhledávat lze například podle konkrétního organismu, taxonomické skupiny, geografického území, období nebo zdroje dat. Vedle jednotlivých záznamů je možné procházet také celé datové sady a jejich poskytovatele.

Pro základní orientaci je možné portál procházet bez registrace. Pro práci se stahováním dat prostřednictvím GBIF je nutné vytvořit si uživatelský účet a přihlásit se.

Data jsou poskytována ve standardizované struktuře, což usnadňuje jejich další zpracování. To ovšem neznamená, že je lze bez kontroly rovnou použít v analýze. Stejně jako u jiných sekundárních dat je potřeba věnovat pozornost jejich původu, úplnosti, geografickému a časovému pokrytí nebo případným duplicitám a chybám.

Vyhledání datových sad týkajících se vybraného organismu (v tomto případě Ips typographus):

 

Po vyhledání vybraného organismu lze kliknutím na jeho název zobrazit informace o jeho rozšíření a datové sady:

Na co dát pozor při použití dat

Větší pozornost, než samotné vyhledávání vyžaduje práce se staženými daty: jejich filtrování, kontrola kvality a správná interpretace. U rozsáhlejších analýz se proto vyplatí seznámit se nejen s vyhledáváním na webu GBIF, ale také s dokumentací jednotlivých datových sad a s informacemi o jejich původu.

Velký počet dostupných záznamů totiž automaticky neznamená, že jsou data reprezentativní. Některé oblasti, druhy nebo období mohou být pokryty velmi dobře, zatímco jinde mohou data téměř chybět. Různé datové sady navíc mohou vznikat odlišnými metodami a za jiným účelem. To je potřeba při jejich spojování a následné interpretaci výsledků zohlednit.

 

Ukázka možností při stahování dat:

 

Ukázka dat stažených z GBIF:

Jak se data z GBIF využívají ve výzkumu?

Inspiraci pro vlastní práci lze najít přímo na portálu GBIF. Sekce Data Use představuje vědecké práce, které využívají data zpřístupněná prostřednictvím této infrastruktury. Vybrané studie se objevují také v každoroční publikaci GBIF Science Review.

Jedním z příkladů je výzkum zaměřený na diverzitu volně žijících včel v Evropě. Autoři studie zkombinovali otevřená data z GBIF s dalšími, částečně neveřejnými datovými zdroji. Po vyčištění a ověření získali téměř tři miliony záznamů o výskytu přibližně 1 500 druhů včel z celé Evropy.

Takto rozsáhlý soubor umožnil analyzovat taxonomickou i fylogenetickou diverzitu a hledat geografické a environmentální souvislosti. Výsledky například ukázaly vyšší druhovou bohatost v jižní Evropě. Studie zároveň upozornila na výrazné rozdíly v kvalitě a pokrytí jednotlivých datových zdrojů a na nedostatečné vzorkování ve velké části Evropy.

 

Právě tento příklad dobře ukazuje možnosti i limity sekundárních dat. GBIF může výzkumníkovi zpřístupnit množství údajů, které by nebylo reálné získat vlastním terénním výzkumem. Zároveň však velikost datového souboru sama o sobě nezaručuje jeho reprezentativnost. Před analýzou je proto potřeba zjistit, kde a jak data vznikala a kde naopak záznamy chybějí.

Pokud s GBIF zatím nemáte zkušenost, zkuste se na portál podívat a vyhledat si organismus nebo téma, kterému se ve výzkumu věnujete. Možná zjistíte, že data, která by se vám mohla hodit, už někde existují.

 

Výzkumné instituce mohou prostřednictvím GBIF data také zveřejňovat. Publikování dat je ale organizačně náročnější než jejich vyhledání a stažení. Poskytovatel dat musí být zapojen do sítě GBIF a proces zpravidla vyžaduje spolupráci s příslušným koordinátorem nebo kontaktním pracovištěm.